Que Boca tiene una riquísima historia en materia de Copa Libertadores no es ninguna novedad. Competencia que ya había ganado en 1977 y 1978 de la mano del Toto Lorenzo, el nuevo milenio trajo al Xeneize un sinfín de alegrías a nivel continental, aunque también algunas pálidas, como la final del 2004 frente al Once Caldas. De las últimas once Libertadores que disputó Boca Juniors, sólo en la de 1994 no pasó la fase de grupos y debió abandonar la competencia antes de los octavos de final, y sólo una vez no superó esa instancia, en 2009.
Hasta el año 2000, el sistema en la Copa Libertadores era bien distinto al actual: participaban 21 equipos de 10 países asociados a la Conmebol, con lo cual sólo había espacio para el campeón y subcampeón de cada país, más un club que clasificaba de forma directa a la fase final, por haber ganado el certamen el año anterior. En 1991, Boca superó el grupo 1, compuesto por Bolívar, Oriente Petrolero y River Plate, a quien venció las dos veces, primero con un 4 a 3 memorable y luego por 2 a 0. En octavos de final enfrentó a Corinthians. Lo venció por 3 a 1 en el partido de ida y el empate 1 a 1 en la vuelta lo depositó en cuartos de final. El equipo de Tabárez sería eliminado recién en semifinales, a manos del Colo Colo de Chile, que se consagró campeón.
Boca volvió a pisar los octavos de final recién en el 2000. De la mano de Bianchi, empató 0 a 0 frente al Nacional de Medellín en Colombia, y lo derrotó por 5 a 3 en La Bombonera, avanzando así a la siguiente rueda. En 2001, el Xeneize inició en eliminatorias el camino al bicampeonato enfrentando al Junior de Barranquilla. Obtuvo un gran triunfo de visitante por 3 a 2, y luego igualó 1 a 1 en La Bombonera. 
Tabárez regresó a Boca en 2002 y no le fue bien en la Copa, donde se despidió en cuartos. En la instancia previa había igualado 0 a 0 con Nacional de Medellín y luego lo derrotó por 2 a 0. Con la vuelta de Bianchi en 2003, el Xeneize volvió a levantar la Copa, y para ello, debió superar en octavos a Paysandú, en una serie durísima, que se inició con la victoria del conjunto brasileño en La Bombonera, con gol de Iarley. Boca venció 4 a 2 en Brasil y avanzó hacia la quinta Libertadores de su historia.
En 2004, Boca llegó a cuartos de final tras derrotar dos veces al Sporting Cristal peruano, por 3 a 2 y 2 a 1. Ese año perdería la final con Once Caldas y Bianchi nuevamente dejaría el club. Con el Chino Benítez quedará eliminado escandalosamente en cuartos de final en la edición 2005, frente a Chivas. En octavos había dejado atrás al Junior, tras igualar 3 a 3 en Barranquilla y aplastarlo 4 a 0 en el Alberto J. Armando.
Boca volvería a la Libertadores recién en 2007, y una vez más, de manera triunfal. En la última Copa que levantó el Xeneize, dejó fuera de competencia a Vélez, en una serie también complicada, donde lo derrotó 3 a 0 de local pero luego perdió 3 a 1.
Un año más tarde, el equipo que ya dirigía Ischia dejó en el camino al Cruzeiro, con un doble 2 a 1. También de la mano de Ischia, en 2009, Boca no lograría superar a Defensor Sporting de Uruguay pese a haber sacado un importante 2 a 2 en tierras charrúas, en tiempos donde ya valía doble el gol de visitante. Tenía todo para definir en La Bombonera, pero los uruguayos sorprendieron y se impusieron por 1 a 0 a un Boca que se iniciaba en una crisis futbolística de casi tres años.
El balance estadístico es ampliamente favorable: Boca disputó 20 partidos: ganó 11, empató 6 y perdió en tres ocasiones.
